Der Stiftungsrat ist laut Satzung das oberste Entscheidungsgremium der Schulstiftung Seligenthal. Er legt die grundsätzlichen Leitlinien fest und trifft alle wesentlichen personellen und finanziellen Entscheidungen der Stiftung, insbesondere stellt er den Jahresabschluss fest und entscheidet über den Gesamthaushalt der Schulstiftung.

Der Stiftungsrat hat folgende stimmberechtigte Mitglieder:
Sr. M. Christiane Hansen, Äbtissin, Stiftungsratsvorsitzende
Heidi Lehrhuber, Vertreterin der Stadt Landshut und des Landkreises Landshut
Sr. M. Pia Steinberger
Sr. M. Ida Roberg
P. Bruno Robeck, Präses d. Zisterzienserkongregation d. Hl. Gertrud d. Großen
Maximilian Biersack, Vertreter der Elternschaft
Harald Oberrenner, ehem. Abteilungsleiter im Schulreferat des Ordinariats München

Außerdem nehmen Landrat Alfred Holzner als Ständiger Vertreter des Landkreises, sowie die Mitglieder des Vorstandes und der Geschäftsführer der Schulstiftung als Gäste an Sitzungen teil, die in der Regel zweimal im Jahr (Juni + November) stattfinden.

Der Stiftungsvorstand besteht aus drei stimmberechtigten Mitgliedern, die wesentliche Entscheidungen für die Stiftung im Rahmen der Leitlinien des Stiftungsrates treffen. Dazu zählen arbeitsrechtliche, finanzielle und organisatorische Angelegenheiten. Der Stiftungsvorstand kommt regelmäßig alle 2-3 Monate im Jahr zusammen.

Mitglieder des Vorstandes sind:
Pater Markus Haering, OSB, Cellerar des Klosters Metten - Vorstandsvorsitzender 

Prof. Dr. Ernst Fricke, Rechtsanwalt - Stellv. Vorstandsvorsitzender
Sr. Pauline Klimach OCist, Abtei Seligenthal

Laut Satzung nehmen zusätzlich an den Vorstandssitzungen als beratende Mitglieder teil:
Äbtissin M. Christiane Hansen, Vorsitzende des Stiftungsrates
Carsten Riegert, Geschäftsführer der Schulstiftung

Die Geschäftsführung koordiniert die organisatorischen, finanziellen und personellen Ressourcen für alle sieben Einrichtungen des Bildungszentrums Seligenthal. Hier laufen Entscheidungen über einrichtungsübergreifende Projekte, größere Beschaffungen, Bauorganisation, Sicherheits- und Personalfragen sowie die Finanzplanung zusammen.
Der Geschäftsführer setzt dabei die Beschlüsse des Vorstandes und des Stiftungsrates um und steht als Ansprechpartner für die Einrichtungsleitungen, Angestellte und Eltern sowie externe Partner zur Verfügung.

Geschäftsstelle (Zugang Hauptpforte, 1. OG)

Carsten Riegert, Geschäftsführer
Annette Schwall, Referentin der Geschäftsführung
Jutta Diesch, Sekretärin der Geschäftsführung
Sr. M. Ida Roberg, Sekretariats- und Buchhaltungsmitarbeiterin

Thomas Rauscher, Systemadministrator

Verwaltung (Zugang Büros über Klosterhof, EG)

Theresia Högl-Eggl, Personalreferentin
Karin Müller, Buchhalterin